健康中的“两个核心问题”，疾病的成因往往是由“五个引起疾病的环境因素”与基因相互影响造成的“七个生理系统的失衡”。
功能医学治疗的重点不在于单纯地抑制症状，而是祛除病因和恢复正常的身体机能。
功能医学个性化治疗包括两个部分，以生活方式调整为主的一线治疗和功能性营养素治疗。
1、一线治疗方式
包括环境、饮食、运动、睡眠、压力等生活方式的调整，被称之为“一线治疗方式”。引起疾病的环境因素，包括毒素、过敏源、微生物、压力及不健康的饮食都可以通过一线治疗方式加以改善或祛除，其占整个个性化治疗程度的50%以上。因此，该方案也是美国医生首推的治疗方式。
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功能性营养素作用：
症状往往是人体基本生理功能失衡的一种表现。
例如抑郁等情绪问题与神经递质生理代谢失衡有关，而神经递质的生理代谢由维生素B1、B2、B3、B5、B6、铜、铁、镁以及γ-氨基丁酸(GABA)、甘氨酸、谷氨酸、组胺、乙酰胆碱(Ach)等多种氨基酸共同参与作用。肝脏解毒功能下降与肝脏第一阶段生物转化所需的P450酶的活性下降或因基因缺陷导致某种P450酶缺失有关系，也可能与肝脏生物转化第二阶段的结合反应有关系。可对第一阶段酶转化及第二阶段中和作用产生影响的因素包括：维生素、微量元素、氨基酸及多种植物萃取物。
实际上身体也是极为“聪明”的，当这种生理失衡出现时，身体会启动自我恢复的机能，企图重新建立平衡，维持健康的表现。所以，当身体代谢过程中所需要的各种营养物质予以恰当补充时，身体会用这些营养物质来修复代谢中的失衡，重新恢复到健康的机体状态。正如失眠的人，并不是因为他的身体里面缺少那一粒“安眠药”。
功能性营养素，调节身体营养失衡，提升免疫系统，干预预防慢性疾病。
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